El colombiano no tuvo el progreso esperado en León y regresará a donde brilló en la Liga MX, para su segunda etapa con la escuadra poblana.
A través de informes de César Luis Merlo, se comenta que Omar Fernández está cerca de regresar al Puebla, siendo un fichaje que buscan ambos para volver a esa época donde el colombiano se convirtió en una figura.
En dos torneos con La Fiera no logró anotar un solo gol, además de que disputó solo 22 duelos. Además, el Patrón no pudo consolidarse y no fue titular indiscutible en ambas campañas.